Tanggal 1 April 2016, Ma’had Syaraful Haramain didirikan di Bogor, dengan lokasi di Gedung E-19, Komplek Bukit Cimanggu City, Jl. KH Sholeh Iskandar, Cibadak, Tanah Sareal, Bogor. Awalnya Ma’had ini hanya menyelenggarakan 2 Program: (1) Program I’dad Lughawi; (2) Program Dirasah Islamiyyah.

Pada bulan Mei 2014, bekerjasama dengan al-Muflihun, menyelenggarakan program: (1) Daurah Tahfidz al-Qur’an, 30 Juz dalam 30 hari; (2) Daurah Lughah selama 1 bulan, khusus bagi calon pelajar yang akan diberangkan ke Universitas al-Azhar, Caero, Mesir. Program yang sama, kemudian dilakukan tahun berikutnya, Mei 2015, bekerjasama dengan Markaz Birrul Walidain. Program ini berlanjut hingga sekarang.

Pada tahun 2019, selain 2 program, I’dadi dan Dirasah, Ma’had Syaraful Haramain membuka program baru, yaitu Program Takmili, untuk menjembatani calon mahasantri yang akan melanjutkan ke Program Dirasah. Selain itu, Ma’had Syaraful Haramain juga membuka Program Ma’had Ummahat, khusus untuk ibu-ibu.

Seiring dengan meningkatnya animo, baik dari Mahasantri, maupun orang tua yang menginginkan putra-putrinya diamanahkan kepada Ma’had Syaraful Haramain, maka dengan izin Allah, bulan Agustus 2019, Yayasan At-Turats al-Islami, yang menaungi Ma’had Syaraful Haramain mendapat wakaf untuk pengembangan lembaga pendidikan ini.

Sampai saat ini, tanah wakaf yang telah diwakafkan oleh wakif di MSH-1 ada 3000 m2. Rencananya akan dilanjutkan dengan Wakaf Tahap 2, seluas 3000 m2. Dengan izin Allah, mulai bulan September 2019, telah dilakukan pembangunan Masjid di MSH-1, dan hampir selesai.

Sedangkan tanah wakaf yang diwakafkan di MSH-2 tahap pertama, seluas 1500 m2, dilanjutkan dengan pembebasan lahan seluas 6750 m2. Jadi total 8250 m2. Insya Allah, akan dilanjutkan dengan pembebasan tahap berikutnya. Sejak bulan 14 Mei 2020, telah dilakukan cut and fill di MSH-2. Dengan izin ini Allah, sejak pertengahan 14 Juni hingga Nopember 2020, pembangunan 6 unit perumahan asatidz dan Gedung 1, seluas 1800 m2, terdiri dari dua blok, masing-masing tiga lantai. Gedung ini akan berfungsi sebagai perkantoran, MSH-Mart, ruang kelas, lab. komputer, bahasa, asrama, dan mushalla.

Selain itu, Ma’had wakaf Syaraful Haramain juga mendapatkan wakaf di Cariuk, Bogor, untuk MSH-3, dan Selayar, Sulawesi Selatan, seluas 5 ha.